Rozpoczęcie leczenia powinno zostać poprzedzone dwoma oznaczeniami RNA HIV i CD4.
Jednakże u pacjentów z zaawansowaną chorobą HIV terapia powinna zostać rozpoczęta po pierwszym pomiarze wiremii w celu zapobieżenia pogorszenia stanu pacjenta poprzez opóźnienie leczenia.
Kontrola RNA HIV powinna zostać wykonana po 2 – 8 tygodniach terapii – u pacjentów przestrzegających zaleceń powinien nastąpić spadek wiremii o ok. 1 log10, po 16 – 20 tygodniach wiremia powinna osiągnąć poziom < 50 kopii RNA HIV/ml.Spadek wiremii zależy od wyjściowej liczby komórek CD4 i RNA HIV, siły schematu terapeutycznego, przestrzegania zaleceń przez pacjenta (adherence), wcześniejszego leczenia antyretrowirusowego i ewentualnych współistniejących infekcji oportunistycznych.Wszystko to powinno zostać uwzględnione przy monitorowaniu skuteczności terapii. Jednakże brak odpowiedzi wirusologicznej (brak sladku wiremii) powinien skłonić lekarza do ponownego przeanalizowania przestrzegania zaleceń przez pacjenta, wykluczenia złego wchłaniania, rozważenia ponownego pomiaru RNA HIV dla udokumentowania braku odpowiedzi, a także ewentualnego rozważenia zmiany terapii.·U pacjentów leczonych pomiary RNA HIV powinny być wykonywane co 3 - 4 miesiące.Najmniejsze znaczące zmiany poziomu wiremii to 3-krotny (lub 0,5 log10) wzrost lub spadek, a CD4 spadek o 30% w porównaniu z poziomem wyjściowym liczby bezwzględnej lub odsetka > 3%.
